You can use logical indexing:
In [82]: a = np.random.randint(-5, 5, 100) In [83]: a Out[83]: array([-2, -1, 4, -3, 1, -2, 2, -1, 2, -1, -3, 3, -3, -4, 1, 2, 1, 3, 3, 0, 1, -3, -4, 3, -5, -1, 3, 2, 3, 0, -5, 4, 3, -5, -3, 1, -1, 0, -4, 0, 1, -5, -5, -1, 3, -2, -5, -5, 1, 0, -1, 1, 1, -1, -2, -2, 1, 1, -4, -4, 1, -3, -3, -5, 3, 0, -5, -2, -2, 4, 1, -4, -5, -1, 3, -3, 2, 4, -4, 4, 2, -2, -4, 3, 4, -2, -4, 2, -4, -1, 0, -3, -1, 2, 3, 1, 1, 2, 1, 4]) In [84]: mask = a != 0 In [85]: a[mask] Out[85]: array([-2, -1, 4, -3, 1, -2, 2, -1, 2, -1, -3, 3, -3, -4, 1, 2, 1, 3, 3, 1, -3, -4, 3, -5, -1, 3, 2, 3, -5, 4, 3, -5, -3, 1, -1, -4, 1, -5, -5, -1, 3, -2, -5, -5, 1, -1, 1, 1, -1, -2, -2, 1, 1, -4, -4, 1, -3, -3, -5, 3, -5, -2, -2, 4, 1, -4, -5, -1, 3, -3, 2, 4, -4, 4, 2, -2, -4, 3, 4, -2, -4, 2, -4, -1, -3, -1, 2, 3, 1, 1, 2, 1, 4]) In [86]: a[-mask] Out[86]: array([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0])